选择腹腔镜或开腹。根据术中所见初步判断畸胎瘤的良恶性，疑为恶性肿瘤时应尽快送冰冻病理检查。恶性畸胎瘤还应尽量行完整的分期手术。术中全面探查盆腔、切除大网膜及腹膜和淋巴结活检，了解肿瘤浸润的范围和各器官组织受累的程度。对于年轻、有生育要求的恶性畸胎瘤患者可以考虑实施保留生育功能的手术。目前WHO推荐采用的化疗方案为BEP方案。
选择腹腔镜或开腹。根据术中所见初步判断畸胎瘤的良恶性，疑为恶性肿瘤时应尽快送冰冻病理检查。恶性畸胎瘤还应尽量行完整的分期手术。术中全面探查盆腔、切除大网膜及腹膜和淋巴结活检，了解肿瘤浸润的范围和各器官组织受累的程度。对于年轻、有生育要求的恶性畸胎瘤患者可以考虑实施保留生育功能的手术。目前WHO推荐采用的化疗方案为BEP方案。
畸胎瘤一旦发现，医生都建议切除。卵巢畸胎瘤的存在可能影响女性的生育能力；畸胎瘤是否良性，要待剔除后做病理检验才能断定，并且畸胎瘤有一定的恶变率，不切除就等于揣着一颗定时炸弹，随时可能爆炸。B超提示症状可能是畸胎瘤，但也不排除其他情况，必须手术后做病理检查才能最后断定。因此，即使没有任何症状，也不影响日常生活，并且畸胎瘤绝大部分是良性的，也应该手术。
治疗卵巢畸胎瘤一般都采用手术切除，但是多数病人不愿接受，而且费用高，留下伤口，甚至患者切除后，对侧又长出囊肿或者在原来的部位复发。中医治疗卵巢畸胎瘤可起到事半功倍的疗效。以中医理论为基础，辨证施治。灵活运用活血化淤，软坚散结，利湿祛疾，消积行气的治疗原则，通过“通息疗法”临床治疗卵巢畸胎瘤，取得了理想的疗效。
手术切除后常规化学专业治疗1.5～2年常用顺铂、长春花硷或长春新硷、博莱霉素。2006年以来，推荐应用顺铂、阿霉素、异环磷酰胺等化疗药物进行联合化疗。放射治疗仅用于明确有镜下或肉眼残留的恶性畸胎瘤病例，放疗剂量镜下残留以25Gy为宜，肉眼残留者可应用到35Gy对手术切除完整者，主张以化疗为主，放疗慎用，以避免放疗时生殖器官、骨骼发育的延迟损害。